1997 metais susibūrė grupė bendraminčių, kuriuos vienijo bendra idėja apie tai, kad Klaipėdos mieste turi veikti privati mokykla, kurios pamatas būtų krikščioniškos vertybės.
Mokyklos steigėjai: Rolandas Kumpys, Džiuljeta Gečienė, Algis Rūtelionis.
2015 metais įsteigta „Vaivorykštės tako” gimnazijos taryba, kurią sudaro 8 asmenys: mokyklos steigėjai, mokyklos kapelionas Andrius Valaitis, mokinių tėvai Modestas Gaubas ir Deividas Pagojus, pastorius Albertas Latužis ir misionierė iš JAV, Klaipėdos universiteto profesorė Siuzan Robbins.